水资源协同中心实行以重大需求为导向，以重大任务为牵引的新机制，将大力提升我省水资源行业科技创新水平与人才培养能力，有效提升国际竞争力。机制体制改革的重点是科技创新的协同模式与“寓教于研”的人才培养模式。中心联合省内外的科技界、企业界和政府，设立中心管理委员会和中心发展咨询委员会，实行管理委员会领导下的中心主任负责制。建立了组织机构，设综合管理部、科研技术部、工程建设部、对外合作部、人事战略部。制定了一系列规章制度（试行）。初步建立了资源共享平台系统、人事管理平台系统、科研管理平台系统、学生管理平台系统和财务管理平台系统。在资源共享平台系统中，统一管理创新中心资源。资源包括实验室、实验设备、软件、图书资料（包括电子资料）等，以及相应的技术支撑队伍。
具体机制体制改革措施包括：组织管理、人员队伍、人才培养、科研组织和资源共享等方面。统一领导规划，特区形式管理；倡导合作攻关，营造协同文化；改革人事管理，整合一流队伍；创新考评方式、探索激励机制；科研教学结合，人才协同培养;稳定经费支持，完成协同任务；优化资源配置，实现成果共享；构建开放环境，加强国际协作。
